잠복고환을 치료하지 않으면 다음과 같은 합병증이 발생할 수 있습니다.
고환의 조직학적 변성으로 인하여 불임이 될 수가 있습니다.

고환의 조직학적 변성은 1세 이후에 주로 진행되므로 원칙적으로 생후 12개월 이전에 늦어도 2세 이전에는 치료를 해야 하며 한쪽에만 잠복고환증이 있어도 불임이 될 수 있습니다.

고환암의 발병위험도가 잠복고환증이 없는 사람에 비해 40배 정도 높으며 고환암의 10% 정도가 잠복고환증이 있는 사람에서 발생하는 것으로 알려져 있습니다.

고환고정술을 통해 고환암을 막을 수 있는지는 아직 논란이 많지만 고환암이 발생하더라도 고환고정술을 하면 조기에 발견할 수 있다는 장점은 있습니다.

그 외에 탈장이나 고환꼬임 등을 동반할 수 있습니다.