치료의 목적은 적절한 시기에 고환을 음낭으로 내려 고환의 기능에 손상이 오지 않게 하고, 고환은 쉽게 만질 수 있게 하는 것입니다.

잠복고환증을 수술적으로 치료하게 되면, 동반되거나 발생 가능한 탈장, 고환꼬임 등을 예방할 수 있습니다.

수술 시기는 보통 고환이 자연적으로 내려오는 3개월 이후에서 1세 이전이 됩니다.

기준이 되는 치료는 고환주변의 고환의 하강을 막는 조직들을 제거하고 고환을 음낭에 내려 고정시켜주는 고환고정술 입니다.

고환이 만져지지 않는 경우에는 진단적 또는 진단과 치료를 겸하는 복강경 수술을 시행합니다.

고환의 상태가 양호한 경우에는 고환을 서혜륜을 통하여 음낭으로 내려주며 그렇지 않은 경우에는 고환적출술로 제거합니다.

보통 사춘기 이후에 반대쪽 고환이 음낭 내에 정상적으로 존재하고, 잠복고환이 해부학적, 형태학적으로 이상소견을 보이거나 정삭이 너무 짧아 음낭으로 내리기가 불가능한 경우에 고환적출술을 하게 됩니다.

호르몬 요법은 남성호르몬의 분비를 자극하는 호르몬을 투여하여 고환의 하강을 촉진시키는 방법으로 성공률은 20% 미만으로 낮습니다.