단장증후군이 발생한 초기에는 소장루로 배출되는 장액이 많기 때문에, 수분 및 전해질 공급이 중요합니다. 정상인들은 많이 먹으면, 소아인 경우 성장이 좋게 되고, 성인은 체중이 증가하게 됩니다. 이에 비해 단장증후군 환자들은 많이 먹게 되면 소장이 짧기 때문에 오히려 설사가 유발되어 채내 전해질 이상이 생기고, 탈수가 되게 됩니다.
초기 이후에는 영양 부족이 문제가 됩니다. 이를 위해 지속적인 장관영양(continuous enteral feeding)을 시도하고, 이것으로도 부족하면 총정맥영양법(total parenteral nutrition, TPN)으로 영양을 보충해야 합니다. 소장이 너무 짧지 않을 경우, 수개월에서 수년에 걸친 치료로 총정맥영양법에 의존하지 않게 되기도 하지만, 소장이 지나치게 짧으면 평생을 총정맥영양법에 의존해야 하기도 합니다.
약물요법은 보조적이기는 하지만, 제산제, 지사제, 비티민 및 무기질 보충제, 락타아제 보충제를 사용할 수 있습니다. 소장의 직경이 늘어나 있는 경우 소장을 수술 (Serial transverse enteroplasty, STEP)을 시행하여 총정맥영양법에 의존하지 않게 되기도 합니다. 이러한 치료로도 총정맥영양법 의존이 해결되지 않고, 치명적인 합병증이 발생하면 소장이식을 고려해야 합니다.